本期，小編帶大家來看看2月份有哪些單細胞轉(zhuǎn)錄組測序相關(guān)的高分文章吧~

2月份共整理21篇高分文獻（IF>20），其中，構(gòu)建單細胞圖譜的文章有6篇，涉及首份人類胸腺細胞圖譜，靈長類動物衰老卵巢細胞圖譜、以及對小鼠腸道、皮膚、視交叉上核和內(nèi)皮細胞的單細胞轉(zhuǎn)錄組圖譜進行繪制。生長發(fā)育有6篇，包括干細胞分化、類原腸胚、類器官；腫瘤相關(guān)的文獻3篇，免疫相關(guān)的文獻4篇；神經(jīng)科學2篇。

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下面小編將針對7篇CNS文獻進行簡單介紹：

一、

題目：MAFG-driven astrocytes promote CNS inflammation

DOI號：10.1038/s41586-020-1999-0

發(fā)表期刊：Nature

影響因子：43.07

發(fā)表日期：20200212

研究方向：多發(fā)性硬化癥

摘要：多發(fā)性硬化癥是中樞神經(jīng)系統(tǒng)的慢性炎性疾病。星形膠質(zhì)細胞可引起多發(fā)性硬化癥發(fā)病，但對星形膠質(zhì)細胞的異質(zhì)性及其調(diào)控知之甚少。研究人員通過單細胞RNA測序結(jié)合細胞特異性Ribotag RNA譜分析、轉(zhuǎn)座酶可及染色質(zhì)測序分析（ATAC–seq）、染色質(zhì)免疫沉淀測序（ChIP-seq）、DNA甲基化的全基因組分析以及基于CRISPR-Cas9的體內(nèi)遺傳干擾技術(shù)，報道了多發(fā)性硬化中的星形膠質(zhì)細胞及其臨床前模型實驗性自身免疫性腦脊髓炎（EAE）的分析結(jié)果。并且在EAE和多發(fā)性硬化癥中鑒定出星形膠質(zhì)細胞，其特征在于NRF2的表達減少和MAFG的表達增加，而MAFG與MAT2α協(xié)同作用以促進DNA甲基化并抑制抗氧化劑和抗炎轉(zhuǎn)錄程序。星形膠質(zhì)細胞中的粒細胞-巨噬細胞集落刺激因子（GM-CSF）信號驅(qū)動MAFG和MAT2α的表達以及促炎性轉(zhuǎn)錄模塊，導致EAE中樞神經(jīng)系統(tǒng)病理，并可能導致多發(fā)性硬化。因此，這些結(jié)果確定了多發(fā)性硬化癥的候選治療靶標。

二、

題目：Single-cell and spatial transcriptomics reveal somitogenesis in gastruloids

DOI號：10.1038/s41586-020-2024-3

發(fā)表期刊：Nature

影響因子：43.07

發(fā)表日期：20200219

研究方向： 發(fā)育-類原腸胚

摘要：類原腸胚是胚胎干細胞的三維聚集體，在著床后表現(xiàn)出哺乳動物發(fā)育的關(guān)鍵特征，包括胚層分化和軸向形成。目前，人們已經(jīng)利用顯微鏡研究了類原腸胚中少數(shù)基因的表達模式，并且尚不清楚在類原腸胚在模擬胚胎時全基因組表達模式到達何種程度。研究人員使用單細胞RNA測序和空間轉(zhuǎn)錄組學來比較了小鼠類原腸胚與小鼠胚胎。他們確定了各種以前未知的類原腸胚細胞類型，并表明在胚胎和類原腸胚之間相似地表達了體節(jié)發(fā)生的關(guān)鍵調(diào)控因子。使用實時成像，研究人員表明體節(jié)發(fā)生時鐘活躍在類原腸胚中，并具有類似于體內(nèi)的動態(tài)。因為類原腸胚可以大量生長，所以他們進行了一個小型篩選，從而揭示了降低的FGF信號如何誘導胚胎中的短尾表型。最后，研究人員證明了在基質(zhì)膠中包埋會誘導類原腸胚產(chǎn)生具有正確頭尾模式的體節(jié)，隨著時間沿前后方向依次出現(xiàn)。因此，這項研究顯示了類原腸胚作為模型系統(tǒng)的能力，其能夠以高通量方式研究體外發(fā)育和體節(jié)發(fā)生。

三、

題目：Peripheral T cell expansion predicts tumour infiltration and clinical response

DOI號：10.1038/s41586-020-2056-8

發(fā)表期刊：Nature

影響因子：43.07

發(fā)表日期：20200226

研究方向：腫瘤-免疫T細胞

摘要：盡管阻斷PD 1及其配體PDL 1相互作用的抗體在癌癥治療中取得了巨大的臨床成功，但其涉及的機制仍然未知。在腫瘤免疫中闡述T細胞起源和命運的主要限制因素是缺乏癌癥患者中T細胞個體克隆型分布的定量信息。通過對患有不同類型癌癥的患者進行RNA和T細胞受體深層單細胞測序，研究人員揭示了腫瘤、正常鄰近組織和外周血中各種T細胞和T細胞受體的分布。足夠的證據(jù)表明不僅在腫瘤內(nèi)而且在正常的相鄰組織中，效應(yīng)樣T細胞均呈克隆型擴增。具有這種克隆型擴增基因標記的患者對抗PDL1治療的反應(yīng)最佳。值得注意的是，在外周血中還可以檢測到在腫瘤和正常相鄰組織中發(fā)現(xiàn)的這種克隆型擴增，這提供了一種方便的患者識別方法。對該數(shù)據(jù)以及其它幾個外部數(shù)據(jù)集的分析表明，來自腫瘤外部新鮮的、無窮盡的替代細胞補充了腫瘤內(nèi)T細胞（尤其是反應(yīng)性患者），這表明這些患者的癌癥免疫周期持續(xù)激活并可能與臨床反應(yīng)有關(guān)。

四、

題目：A cell atlas of human thymic development defines T cell repertoire formation

DOI號：10.1126/science.aay3224

發(fā)表期刊：Science

影響因子：41.04

發(fā)表日期：20200221

研究方向：圖譜-胸腺T細胞

摘要：胸腺為T細胞的發(fā)育分化提供了一個良好的環(huán)境，這一過程是由它們與多種胸腺細胞類型的相互作用所協(xié)調(diào)的。研究人員使用單細胞RNA測序來創(chuàng)建人類胸腺的細胞圖譜，并重建T細胞分化軌跡和T細胞受體(TCR)重組動力學。利用這種方法，研究人員識別并定位了原位CD8αα+T細胞群、胸腺成纖維細胞亞型和活化的樹突狀細胞狀態(tài)。此外還揭示了TCR重組和選擇的偏差，這是由于基因組位置和譜系承諾的動力學。綜上所述，這些數(shù)據(jù)提供了一個完整的人類胸腺圖譜，對人類T細胞的發(fā)育進行了高分辨率的普查。

五、

題目：Lymphoma Driver Mutations in the Pathogenic Evolution of an Iconic Human Autoantibody

DOI號：10.1016/j.cell.2020.01.029

發(fā)表期刊：Cell

影響因子：36.22

發(fā)表日期：20200213

研究方向：淋巴瘤

摘要：許多自身免疫性疾病中存在致病性自身抗體，但尚不了解它們?nèi)绾翁颖芗毎庖邫z查點的控制。利用單細胞多組學分析，研究人員發(fā)現(xiàn)淋巴樣惡性腫瘤與由常見類風濕因子自身抗體引起的混合型冷球蛋白血癥的共享機制。通過將單細胞DNA和RNA測序與血清抗體肽測序和抗體合成相結(jié)合，研究人員發(fā)現(xiàn)產(chǎn)生積累突變的克隆樹是由產(chǎn)生致病性自身抗體的罕見循環(huán)B淋巴細胞構(gòu)成的。調(diào)控B細胞增殖和V（D）J突變的基因（CARD11，TNFAIP3，CCND3，ID3，BTG2和KLHL6）中存在淋巴瘤引起的突變，這些突變都存在流氓B細胞產(chǎn)生致病性自身抗體過程中?？贵wV（D）J突變通過在低溫度下使抗原結(jié)合的自身抗體發(fā)生相變成為不溶性聚集物而賦予其致病性。這些結(jié)果揭示了人類淋巴瘤腫瘤形成的前階段以及造成致病性自身抗體產(chǎn)生的一系列體細胞突變。

六、

題目：Single-Cell Transcriptomic Atlas of Primate Ovarian Aging

DOI號：10.1016/j.cell.2020.01.009

發(fā)表期刊：Cell

影響因子：36.22

發(fā)表日期：20200206

研究方向：圖譜-靈長類動物卵巢

摘要：卵巢衰老和女性與年齡相關(guān)的生育力下降的分子機制仍不清楚。研究人員調(diào)查了年輕人和老年人的非人類靈長類動物（NHP）卵巢的單細胞轉(zhuǎn)錄組情況，并鑒定了七種具有不同基因表達特征的卵巢細胞，包括卵母細胞和六種類型的卵巢體細胞。卵母細胞基因表達動態(tài)的深入解剖揭示了在順序和逐步發(fā)展階段的四個亞型。細胞類型特異性衰老相關(guān)轉(zhuǎn)錄變化的進一步分析揭示了早期卵母細胞和顆粒細胞特有的抗氧化劑信號傳導的紊亂，表明氧化損傷是卵巢功能下降的關(guān)鍵因素。此外，在老年婦女的顆粒細胞中觀察到失活的抗氧化途徑、活性氧增加和凋亡。這項研究以單細胞分辨率全面了解了靈長類動物卵巢衰老背后的細胞類型特異性機制，揭示了新的診斷性生物標記物以及與年齡相關(guān)人類卵巢疾病的潛在治療靶標。

七、

題目：Single-Cell Transcriptome Atlas of Murine Endothelial Cells

DOI號：10.1016/j.cell.2020.01.015

發(fā)表期刊：Cell

影響因子：36.22

發(fā)表日期：20200213

研究方向：圖譜-小鼠內(nèi)皮細胞

摘要：人們對不同組織EC的異質(zhì)性仍然了解不完全。研究人員從小鼠11種組織中構(gòu)建了32000多個單EC轉(zhuǎn)錄組圖譜，并鑒定了78個EC亞群，包括健康組織中的Aqp7+腸毛細血管和血管生成EC。來自大腦/睪丸、肝臟/脾臟、小腸/結(jié)腸和骨骼肌/心臟的EC成對地表達部分重疊的標記基因。與異質(zhì)毛細管EC相比，動脈、靜脈和淋巴EC在更多的組織中具有更多相同標志物。來自不同血管床（動脈、毛細血管、靜脈、淋巴管）的EC表現(xiàn)出跨組織的轉(zhuǎn)錄組相似性，但是組織（而非血管）類型導致EC異質(zhì)性。代謝轉(zhuǎn)錄組分析揭示了EC相似的組織分組現(xiàn)象和組織之間以及單個組織內(nèi)血管床之間的EC的異質(zhì)代謝基因特征，它們具有組織類型依賴性模式。EC圖譜在公共scRNA-seq數(shù)據(jù)集中鑒定EC亞型，并提供了一個強大的發(fā)現(xiàn)工具和一個有價值的資源。

更多scRNA-Seq高分文獻匯總?cè)缦卤恚?/span>

單細胞轉(zhuǎn)錄組測序文獻分享

1	單細胞轉(zhuǎn)錄組聯(lián)合TCR||阿爾茨海默氏病人腦脊液中存在克隆擴增的CD8+T細胞
2	Nature||單細胞轉(zhuǎn)錄組測序和ATAC-Seq聯(lián)合解碼人類大腦海馬體體發(fā)育與形成機制
3	單細胞轉(zhuǎn)錄組聯(lián)合空間轉(zhuǎn)錄組學||揭示骨髓造血微環(huán)境的分子，細胞和空間組織構(gòu)架

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